超声内镜检查是指在消化内镜中心，通过内镜来观察消化道有无病变的一种检查方式，主要用于检查食管、胃、小肠、大肠等上消化道的疾病。不同的疾病检查时长也不一样，如胃部疾病、食管疾病、小肠疾病等，一般情况下，检查时间大概为3-5分钟。

1、胃部疾病：如胃溃疡、胃炎等，由于胃部黏膜受到损伤，需要明确病变的具体情况，可能需要病变部位通过超声内镜进行检查，一般操作时间在3-5分钟即可;

2、食管疾病：如食管炎、反流性食管炎等，由于食管部位受到损伤，需要明确病变的具体情况，可能也需要经过超声内镜进行检查，操作时间大概为3-5分钟;

3、小肠及大肠疾病：如小肠溃疡、结肠肿瘤等，在进行检查时，也需要经过超声内镜，因为是在内镜的观察下进行相应的治疗操作，所以操作时间可能较长，一般在10-20分钟;

4、肝脏疾病：如肝脓肿、肝癌等，因为肝脏部位需要进行超声内镜检查，所以需要的时间可能较长，因为肝脏部位的病变情况比较复杂，除了超声内镜检查外，还需要其他检查综合分析才能明确诊断，所以时间会相应延长，具体时间因人而异。

此外，超声内镜检查还有插管胃镜检查的使用，不同的疾病可能需要不同的插管方式及操作时间。超声内镜检查时可能会对被检查者造成一定不适感，所以在检查时会有心理准备，不要过于紧张，配合医生操作即可。