通常情况下，进行超声内镜检查并不会很痛苦，因超声内镜是将内镜探头插入消化道进而获取消化道图像的检查方式，通常在检查过程中，被检查者会保持清醒状态。

超声内镜是消化科常用的介入性检查方法，其工作原理类似于胃镜，而不同于胃镜，超声内镜是无创性的检查方法，其操作较为方便，也没有痛苦。此外，超声内镜比较细腻，可以弯曲式操作，且可以在检查过程中实时动态观察消化道病变。

一般情况下，进行超声内镜检查前会让被检查者口服泻药，目的是使肠道排空或不透光，有利于观察黏膜情况。此外，超声内镜比较方便且没有辐射，因此在检查过程中一般不会感到痛苦。但如果被检查者存在以下几种情况时，可能会比较痛苦，此时建议进行全身麻醉后再进行检查：

1、患有胸腔积液：由于超声内镜需要将探头伸入胸腔内进行检查，因此存在胸腔积液的患者在进行超声内镜检查时会比较痛苦，积液较多时可能会引起呼吸困难等不适;

2、存在胆管狭窄：进行超声内镜检查时，需要将超声探头经口伸入胆管狭窄处，此时可能会比较痛苦，甚至会导致胆管梗阻;

3、局部黏膜增生：如果检查过程中，发现局部黏膜增生或息肉样病变时，可能需要进行病理活检，此时也会比较痛苦;

4、患有食管癌：由于超声内镜可以对食管内病变进行诊断，所以患有食管癌的患者在检查过程中一般不会感到痛苦。

此外，建议被检查者在进行超声内镜检查前禁食8小时以上，且应避免饮用咖啡、浓茶等饮品，以免影响检查结果或出现呕吐等情况，从而导致检查过程中出现危险。