通常情况下，内镜超声检查即使是做无痛胃肠镜也需要活检，主要是为了明确病变的性质。但是如果患者病变比较复杂，没办法通过内镜进行检查，则需要进行活检。

1、怀疑肿瘤：如果患者胃肠道内有肿瘤，可以通过超声内镜进行检查，以明确肿瘤的位置、大小、形态、表面、边界等，初步判断病变的性质。但是超声内镜检查的结果准确率相对于胃肠镜检查低，而且不能活检确定病变的性质，所以需要进一步做活检;

2、不明原因的增生性疾病：比如常见的炎症增生、息肉增生等情况，由于病变比较复杂，进行超声内镜检查可能会发现一些问题，比如息肉有很多分型，不同类型的息肉可能表现的症状不同，有些息肉可能没有任何症状，在这种情况下，超声内镜检查不一定能发现病变，而活检可以进一步明确病变的性质;

3、胃肠道间质瘤：超声内镜检查可对胃肠道间质瘤进行初步判断，其表现为边界清楚的低回声或者高回声病变。在一些情况下，超声内镜检查也可以对其进行鉴别诊断，比如当胃肠道间质瘤出现在结肠或者直肠时，通过超声内镜可以对其进行初步诊断;

4、炎症性肠病：比如溃疡性结肠炎、克罗恩病等情况，通过超声内镜也可以对其进行鉴别诊断，比如当溃疡性结肠炎表现为结肠的节段性改变等。

此外，超声内镜检查也可对胃肠道息肉进行初步诊断，主要是排除一些小的肿瘤，或者是胃肠道黏膜下隆起等病变，但是胃肠道息肉通过超声内镜检查可能发现不了，所以还需要进一步做活检。