超声检查甲状腺有小囊肿通常是因为甲状腺结节、甲状腺囊肿、甲状腺癌导致，超声检查可发现甲状腺内有异常回声，一般还伴有吞咽困难、声音嘶哑、呼吸困难等症状。

1、甲状腺结节：主要是由于遗传因素、碘缺乏等因素引起，由于甲状腺结节会导致甲状腺组织增生，所以当甲状腺组织内有增生结节时，可出现上述现象，可通过手术切除的方式进行治疗;

2、甲状腺囊肿：通常是因为碘缺乏导致，可出现甲状腺囊内出血的现象，当血液淤积在囊内时就会形成甲状腺囊肿，一般不会出现不适症状，也无需特殊治疗。但如果压迫到气管，出现呼吸困难等症状，或者怀疑囊肿有恶变的可能，则需要通过手术的方式将囊肿切除;

3、甲状腺癌：超声检查发现甲状腺存在异常回声，也有可能是甲状腺癌导致，由于癌细胞会导致局部出现异常增生，所以会形成甲状腺癌。早期可以通过手术切除的方式进行治疗，如果是中晚期的患者，可能还需要配合放疗、化疗等方式进行辅助治疗。

此外，上述症状还可能与甲状腺腺瘤等疾病有关。建议患者配合医生完善其他相关检查后再做下一步治疗，防止延误病情。