由于检查的方式不同，肠管超声检查可能会有一定的疼痛，主要是由于肠管内有气体、回声，超声检查会刺激肠管出现疼痛，引起被检查者不适。但疼痛可以忍受，一般在可以耐受的范围内。如果患者比较害怕疼痛，可以选择无痛肠镜检查。

1、经口超声检查：这种检查方式是将一个探头经口伸入结肠，从肛门处进入体内，通过超声波了解结肠内部的情况。由于是在直视下进行，所以一般不会带来明显的疼痛，多数患者可以忍受;

2、无痛肠镜检查：如果患者比较害怕疼痛，可以选择无痛肠镜检查。无痛肠镜是在麻醉后进行，患者在麻醉后就可以进入睡眠状态，在检查过程中没有任何感觉，不会有疼痛感。但是在检查之前需要做肠道准备，清空肠道内的食物残渣和粪便，以免影响检查结果;

3、胶囊内窥镜检查：这种检查方式是将一个胶囊内窥镜从肛门处进入体内，通过体内的摄像头观察肠道内的情况。由于是通过肛门进行检查，所以可能会带来一定的不适感，但是疼痛比较轻微，一般可以忍受;

4、小肠镜检查：如果患者比较害怕疼痛，可以选择小肠镜检查。小肠镜是从口腔进入体内，后进入小肠，通过胶囊摄像头观察肠道内的情况，一般会有比较大的疼痛，多数患者难以忍受。

建议患者做肠管超声检查时要放松心情，不要过于紧张，可以在检查时做深呼吸，缓解紧张的情绪。同时在检查之前尽量避免吃东西或喝水，以免影响检查结果。