甲状腺超声检查和CT检查都是检查甲状腺疾病的常用方式，二者的作用各不相同。二者的主要区别在于检查原理不同、侧重点不同、疾病诊断意义不同、价格不同四方面。

1、检查原理不同：甲状腺超声检查是利用超声对甲状腺进行检查，通过超声探头反射，将甲状腺的形态、大小、囊性或实性部分清楚显示出来;而CT检查是通过X射线断层扫描，对甲状腺进行检查;

2、侧重点不同：甲状腺超声检查可以通过观察甲状腺的大小、形态、边缘、回声以及血流信号等，帮助判断甲状腺结节的良恶性，但是对甲状腺结节的诊断作用有限，只能通过观察甲状腺结节的大小、形态、边缘、与周围组织的关系、血流信号等，进行初步判断;而CT检查可以对甲状腺的整体形态、大小以及边缘、内部结构进行观察，还可以发现甲状腺内是否有结节以及结节的具体部位、大小、数量等，所以对甲状腺疾病的诊断有重要意义;

3、疾病诊断意义不同：通过甲状腺超声检查可以对甲状腺的整体情况做出判断，如果存在病变，可以明确病变的部位、大小以及性质等;而通过CT检查可以明确判断甲状腺结节的具体部位、大小以及与周围组织的关系等，所以对甲状腺疾病的诊断有重要意义;

4、价格不同：甲状腺超声检查的价格相对较低;而CT检查的价格相对较高，因为CT检查可以对甲状腺进行横切处理，所以价格也相对较高。

除了上述区别以外，二者的操作流程也存在差异，如甲状腺超声检查需要在患者脖子上涂抹耦合剂，通过使用探头对甲状腺进行扫查，而CT检查需要患者在医生指导下采取仰卧位，将头部充分暴露，通过X射线扫描进行检查。