超声胃镜检查不全面，是一种辅助检查方法，而肠镜是一种可以直观地观察到结肠、直肠等结肠部位的病变的器质性检查方法。两者在检查方法、适应证、检查费用等方面均有所不同。

1、检查方法：超声胃镜是利用插入胃镜的超声波，使胃镜穿过食管腔，直接观察消化道内的病变;而肠镜是通过肛门将肠镜循腔缓缓插入结肠中，可直接观察肠道是否存在黏膜病变;

2、适应证：由于超声胃镜的局限性，对于隆起性病变不能明确诊断，而肠镜可以较为清晰地观察肠道病变。当患者胃肠道出现出血、梗阻、溃疡等病变时，可优先考虑使用超声胃镜进行检查。但超声胃镜对息肉的诊断性较低;

3、检查费用：由于超声胃镜需要使用造影剂，因此在检查费用方面相对于肠镜检查较高。但由于肠镜检查是经肛门进行，所以在费用方面相对于超声胃镜费用较低;

4、副作用：由于超声胃镜需要对患者进行麻醉，因此在检查过程中，部分患者会出现恶心、呕吐等副作用。而肠镜检查一般不会出现上述反应，部分患者可能会出现腹胀、腹痛等表现;

5、操作方法：超声胃镜由于不能对病变部位进行放大，因此不能明确病变的严重程度，只能对病变的位置进行拍照，因此相对于肠镜而言，更容易出现遗漏病变的情况。而肠镜是经肛门进入肠道，可直接观察肠道是否存在黏膜病变。

除上述区别外，超声胃镜和肠镜均可用于对消化道疾病的诊断，如果患者有消化道症状想要明确病变部位，建议优先考虑使用肠镜检查。